肛管直肠瘘主要侵犯肛管,很少涉及直肠，故常称为肛瘘，是与会阴区皮肤相通的肉芽肿性管道,内口多位于齿线附近，外口位于肛周、皮肤处,整个瘘管壁由增厚的纤维组织组成，内复一层肉芽组织，经久不愈,发病率仅次于痔，多见于男性青壮年，可能与男性的性激素靶器官之一的皮脂腺分泌旺盛有关。
肛肠疾病的发展而引起的，肛周脓肿的就是常见的一种导致肛瘘的原因之一，由于患者的日常排便有问题，就会导致粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛周脓肿，患者常不予以重视，肛周脓肿破溃后，脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部破溃口和切口也缩小，腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，即成瘘管，肛瘘由此形成。
直肠肛门损伤、外伤。来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛周脓肿，不及时治疗，都可导致肛瘘。
肛瘘是由于肛肠部位受到感染，由肛窦炎等炎症引起，由内而外发病。在发病初期，肛周部位可见脓包，叫做肛周脓肿，肛周脓肿破溃后，皮下组织形成纤维化的瘘管，就是肛瘘。
