瘘管切开术 适用低位单纯性肛瘘，内外括约肌之间的外瘘。切开瘘管仅损伤部分内括约肌，外括约肌皮下部及浅部，不会引起术后肛门失禁。一般在鞍麻下，用探针由外口插入，通透瘘管的内口穿出，沿探针方向切开瘘管，将腐烂肉芽组织搔爬干净，为保证瘘管从底部向外生长，可将切口两侧皮肤剪去少许，呈底小口大的 “V”形伤口，同时注意有无分支管道，也应一一切开。
挂线疗法 适用高位单纯性肛瘘，即内口在肛管直肠环平面上方，手术切断可引起肛门失禁。采用瘘管挂线，使要扎断的括约肌与四周组织先产生粘连，因结扎后局部缺血、坏死，经10～14天后自行断裂，此时不发生收缩失禁，瘘管敝开成创面，达到逐渐愈合。方法：将探针从外口经瘘管在内口穿出，探针引导一无菌粗丝线或橡皮筋，将此线从内口经瘘管而在外口引出，然后扎紧丝线。
肛瘘切除术适用低位单纯性肛瘘，与切开不同之处在于将瘘管及周围组织分开并切除，直至显露健康组织创面内小外大，一般不缝合，术后坐浴、换要、直至愈合。肛瘘怎么治疗可注意高位或复杂性肛瘘在手术中要注意保护肛管直肠环，免术后大便失禁。
由于肛瘘的反复发作，形成复杂性肛瘘及高位肛瘘，病变范围不断扩大和向上蔓延，不仅肛周的瘢痕范围扩大，影响肛周括约肌的功能，造成肛门功能的下降，而且手术时还可能损伤更多的肛门内、外括约肌，甚至肛管直肠环。这样的话，创面较大，患者痛苦亦较大，不但创面的愈合时间长，也可造成因肛门周围功能肌的损伤而导致肛门功能下降，形成不同程度的肛门失禁。
由于肛瘘有反复肿痛溃脓的可能，特别是在身体疲乏时容易发生，脓水常污染内裤，肛门潮湿不适，进而可形成肛周湿疹等肛周皮肤病，增加患者的痛苦。
