非淋菌性尿道炎的病原体是沙眼衣原体和脲原体(分解尿素支原体)。衣原体和支原体是不被大家认识的病原体。沙眼衣原体引起的疾病较多，如沙眼、性病性淋巴肉芽肿等，但沙眼衣原体可分为 18个血清型，不同的血清型可引起不同的疾病。支原体是比衣原体还要小的病原体，除引起生殖道的感染外，还可引起肺炎。在致病微生物中，细菌较衣原体大，衣原体较支原体大，而支原体又较病毒大。所以说衣原体和支原体是间乎于细菌和病毒之间的微生物。
引起非淋菌性尿道炎的病原体较多。主要是由沙眼衣原体和脲素支原体引起。除上述二种病原体外，白色念珠菌、大肠杆菌、滴虫、单纯疱疹病毒等也可引起非淋菌性尿道炎。当两性进行接触时，病原体通过皮肤黏膜侵入健康人体内而感染发病。
非淋菌性尿道炎(NGU)是指尿道炎得症状，但尿道分泌物却查不到淋球菌得一类疾病。主要由于支原体何衣原体引起，阴道毛滴虫、白色念珠菌何疱疹病毒 Ⅱ型也是常见病菌。通过性交传染，侵犯秘尿生殖器官。20世纪90年代以来砂眼衣原体及解脲支原体所致秘尿生殖系感染发病率在欧美国家已经超出淋病发病率，居性传播疾病**，在我国其发病率前几年一直在淋病及尖锐湿疣之后占第三位，但目前发病率已明显上升，甚至在某些地区已超过淋病而居第一位。
40%～50%的非淋菌性尿道炎由沙眼衣原体引起。衣原体为介于细菌与病毒之间的细胞内寄生微生物，直径250～500nm，用显微免疫荧光测定法已测知衣原体至少有15种血清型，其中8型(D、E、F、G、H、1、J、K)已证实与尿道炎有关。衣原体不耐热，在室温中迅速丧失传染性，50℃30分钟即可将其杀死。30%的非淋菌性尿道炎由尿素分解支原体所引起，尿素分解支原体呈极微小的球杆状，直径仅为200nm，常寄生于人的尿道上皮，具有将尿素分解为氨的性能。能在细胞外独立生活，对外界环境抵抗力弱。45℃15分钟即可被杀死。10%～20%非淋菌性尿道炎可由其它病原体所引起。如滴虫、白色念珠菌、疱疹病毒、大肠杆菌、链球菌、金葡菌、人乳头瘤病毒、酵母菌、厌氧革兰氏阴性杆菌等。
男性患者常有浆液性或粘液脓性分泌物从尿道口流出或排尿疼痛。女性患者常有尿频及排尿困难。如波及宫颈时，表现为炎症和糜烂，分泌物增多，阴道及外防瘙痒，但也有些病人无症状。
