能够引起灰指甲的真菌有很多种，最常见的有红色毛癣菌、石膏样毛癣菌、絮状寿应癣菌等。其他如许兰氏毛癣菌、紫色毛癣菌、断发毛癣菌、玫瑰色毛癣菌及同心性毛癣菌也可致灰指甲。此外，还有几种真菌常在甲营养不良的情况下引起甲的病变，如白色念珠菌、黄曲霉菌、熏烟色曲菌等。
灰指甲患者往往是先患有手癣或脚癣，真菌首先侵入甲周围的皮肤，然后通过指甲或趾甲的生长演变，逐渐侵入甲板内，并进一步生长和繁殖，直到破坏整个甲板。如果真菌侵入甲根部，影响了甲的生长，就会引起甲发育不良或甲畸形。一般来说，这个过程是比较缓慢的。更多的情况下，灰指甲的发生是由于指(趾)甲因外伤或经常搔抓而导致破损后感染真菌而引起的。例如，患者有脚癣或股癣，由于瘙痒难忍常用手指甲搔抓，这样手指甲会沾上许多病损中的真菌。长期反复搔抓摩擦，指甲很容易有破损，从而使真菌乘虚而入引起甲病。
引起指甲改变的原因有很多，不能认为指(趾)甲有病都是灰指甲。灰指甲的发病往往从一个指(趾)甲开始，而后逐渐波及其他指(趾)甲。如果十个手指甲或脚趾甲同时发病，则往往是全身性疾病的一种表现。当然确诊灰指甲的最根本的证据是真菌检查，即从病甲上刮取少量碎屑，或显微镜直接检查，或在培养基上培养，只要能找到致病的真菌就可以确定患了灰指甲。
治疗灰指甲的方法很多，可以外涂药，也可以内服药，还可以通过外科手术拔除病甲。手指甲和脚趾甲的生长速度是不同的，从根部开始至前游离缘，手指甲需要100天时间，而脚趾甲大约要300 天时间，也就是说脚趾甲的生长速度只有手指甲的1/3。所以治疗灰指甲必须要有耐心。外科手术拔甲适于单发的灰指甲，可在局部麻醉下进行，或先用溶甲剂把病甲包扎3天，然后再拔除。由于甲的生长是从根部开始的，坏甲消除了，新甲就可以正常地生长了。但拔除法痛苦较大，患者不易接受。
手指灰指甲则可能从手癣传播或由经常抓足而感染。指灰指甲在足趾比手指更多见。指灰指甲多由其他丝状真菌、酵母样菌及酵母菌等引起，大多见于营养不良的指甲，现已肯定白念珠菌及短帚真菌可致指灰指甲。
