由于继发感染，分泌物常有难闻的臭味。个别病例病变可出现在肛门的黏膜上皮。发生在肛周的，应注意询问有否彩虹恋，肛交史。
偶可发生在口腔及咽喉部黏膜上皮，表现为小的、潮红、柔软、表面呈乳头状的疣状赘生物。可发生在口交者。
形状巨大的尖锐湿疣，可以拳头大小，表面呈乳头瘤状，因继发感染，分泌物常有难闻的臭味。好发于男性的包皮黏膜面及龟头，偶也可见于肛周及女性阴道。巨大型尖锐湿疣实质是一个疣状癌。病理为低度鳞状细胞癌的改变。虽然它极少发生转移，但损害可向深部穿透。在男性可侵及尿道，产生许多窦道，从中排出脓液及尿。
上皮细胞已经受到HPV感染，但尚无出现肉眼可见的变化。亚临床感染可以通过醋白试验清晰地显示出来。
采用敏感的分子生学技术即聚合酶链反应（PCR），从尖锐湿疣患者的配偶或性伴侣的外阴部或阴道拭子标本中提取的DNA作模板，进行扩增，发现有相当比例的配偶或性伴侣HPV检出阳性。他（她）们临床上既无尖锐湿疣的损害，也无亚临床的感染，可以说是HPV携带者。
