肝囊肿通常指非寄生虫性肝囊肿。目前临床上的病理有增多的趋势。肝囊肿中以孤立性囊肿及多囊肝多见，孤立性肝囊肿通常无任何症状，若囊肿较大可出现压迫症状，如腹痛、恶心、腹泻等。囊肿的发生部位以右肝居多。多发性肝囊肿又称多囊肝，有半数以上的病人合并有多囊肾，多囊肝常侵犯整个肝脏，也有少数多囊肝病人的病变局限于肝脏的一叶或半肝范围。
对于孤立性肝囊肿除非发生囊肿破裂、囊蒂扭转或囊内出血等并发症，进行紧急手术治疗外，择期手术需要根据右肝囊肿的大小、部位和病人的全身情况和自觉症状而定。体检中偶尔发现的无症状的孤立性肝囊肿可以暂时采用保守治疗，利用超声检查定期观察，需要警惕恶变的的发生。大的肝囊肿有症状出现者较好施行手术治疗，因为穿刺抽液等保守疗法一般容易复发，并且带来细菌污染可能。多囊肝肿常应采取非手术治疗，由于其病变累及整个肝脏，除非采用肝移植，否则不能治疗本病。然而，多囊肝一旦由于肝肿大压迫胸腹部影响呼吸循环时，需考虑手术减轻压力。
除非病变局限于肝的一叶，且伴有症状;或疑有恶变者，一般多不主张手术治疗。多囊肝当发现其中个别右肝囊肿增大迅速，压迫邻近脏器，严重影响病人日常生活或心肺功能时，可以对较大的右肝囊肿进行反复穿刺抽液。如果病人全身情况良好，肝功正常，也可作开窗术，以减轻压力，缓解症状，促使肝细胞再生。有条件者可进行肝移植，以彻底治疗本病。
多囊肝合并多囊肾的治疗：多囊肝的治疗参照以上方案。多囊肾没有症状时，可观察并定期复查肾功能。若出现症状(如腰痛、血尿、高血压、肾功能衰竭等)，则需要手术治疗，包括穿刺或切开囊肿，降低囊肿压力，有时可以延缓病变的进展和肾功能衰竭，必要时进行透析疗法。治疗的方法需要肾移植。
肝囊肿压迫胃部患者不敢正常进食或饱餐，挤压心脏时可以出现心衰的肝囊肿症状，有的肝囊肿病人因为肝左叶囊肿，挤压到心脏。每天必须吸氧，而且因为心衰，两年没有下床。经过治疗肝囊肿后病人能够下地行走，再不用吸氧。肝囊肿可以出现肝区疼痛，腹胀肝囊肿症状，肝囊肿症状还因为肝囊肿突然增大或继发感染，可以突然腹痛加剧，或发烧出现。有时上腹部可触及包块的肝囊肿症状，有的病人出现腹痛，呕吐，黄疸等肝囊肿症状。
